金线莲种植户可以通过以下渠道申请补贴：
1.当地农业农村部门：这是最直接和常见的渠道。农业农村部门通常负责农业相关的补贴政策制定和实施，可以向他们咨询并提交申请。
2.科技部门：如果种植户的金线莲种植涉及到科技创新方面，例如新的种植技术研发、品种改良等，可以向科技部门申请相关补贴。
3.乡镇政府或村委会：他们对当地的农业情况较为了解，能够提供申请补贴的指导和帮助，并且可能协助向上级部门递交申请材料。
4.在线政务服务平台：许多地区都开通了在线政务服务平台，种植户可以在上面查找相关的补贴政策和申请流程，并进行在线申请。
5.农业产业化项目办公室：如果种植户的金线莲项目属于产业化发展范畴，可以通过这个渠道申请相应的补贴。
在申请补贴时，种植户需要提前了解相关政策要求，准备好齐全的申请材料，按照规定的程序和时间进行申请，以提高申请成功的几率。