金线莲已被列入《福建省中药材标准》（2006年版）产品目录，应当纳入地方标准的中药材管理。在福建省办理金线莲生产经营许可证的大致流程如下：
准备相关材料，可能包括申请书、申请人的身份证明、金线莲的来源证明、生产场所的相关证明（如土地租赁合同、房产证明等）、生产设备和设施的清单、质量管理制度文件等。具体要求可能因地区和相关政策而有所不同，建议提前咨询当地的药品监督管理部门，以获取准确的材料清单。
向所在地的药品监督管理部门提交申请，部门会对申请材料进行初步审查。
现场审查，相关部门可能会对生产经营场所进行现场检查，以核实是否符合规定的条件和要求。
样品检测（如有需要），可能会对金线莲产品进行抽样检测，以确保其质量符合标准。
相关部门根据审查、检查和检测结果，审定是否发放许可证。
鉴于各地政策和具体要求可能存在差异，办理之前详细咨询当地药品监督管理部门或相关政务服务中心，以确保顺利办理。同时需注意，金线莲属于中国国家二级保护植物，只有人工种植的金线莲且来源合法才能用于经营，经营过程中也要遵守相关法律法规，不得非法采集、买卖、收购、加工国家保护野生植物或破坏其生长环境。