以虫治虫
食蚜蝇：食蚜蝇的幼虫以蚜虫为食，是蚜虫的天敌。可以通过在金线莲种植区域周围种植一些能够吸引食蚜蝇的植物，如荞麦、胡萝卜等，来增加食蚜蝇的数量。一般每平方米有 3 - 5 只食蚜蝇幼虫，就能有效控制蚜虫的危害。
寄生蜂：如赤眼蜂，它可以寄生在多种害虫的卵内，抑制害虫的繁殖。在金线莲种植区，当发现害虫卵时，可以释放赤眼蜂。按照害虫卵量的 5 - 10 倍释放赤眼蜂卵卡，将卵卡挂在金线莲植株上，赤眼蜂孵化后会寻找害虫卵寄生，从而减少害虫的孵化数量。
利用昆虫生长调节剂
几丁质合成抑制剂：例如灭幼脲，它可以干扰害虫的几丁质合成，使害虫不能正常蜕皮而死亡。对于金线莲上的鳞翅目害虫，如小菜蛾等，在害虫低龄期，将灭幼脲稀释成 1000 - 2000 倍液进行喷雾，能有效抑制害虫生长。这种药剂对非靶标生物安全，不会对金线莲和有益昆虫造成太大危害。
保幼激素类似物：如烯虫酯，它能干扰害虫的正常发育，使害虫保持幼虫状态，不能正常化蛹和羽化。在金线莲种植过程中，当发现有一些具有变态发育的害虫时，可以使用烯虫酯进行防治。将其稀释成适当浓度后进行喷雾，浓度一般为 50 - 100ppm，能够破坏害虫的生长周期。
微生物制剂防治病害
哈茨木霉菌：它是一种生防菌，对金线莲的根腐病、猝倒病等土传病害有很好的防治效果。在金线莲种植前，可以将哈茨木霉菌剂与种植基质混合，按照每立方米基质添加 100 - 200 克菌剂的比例，使菌剂在基质中定殖，抑制病原菌的生长。在病害发生初期，也可以将哈茨木霉菌剂稀释 100 - 500 倍进行灌根，每周 1 - 2 次，连续使用 2 - 3 周。
淡紫拟青霉：主要用于防治金线莲根部的线虫病害。淡紫拟青霉可以寄生在线虫的卵和幼虫上，破坏线虫的正常发育。在种植时，将淡紫拟青霉剂与基肥一起施入土壤，每亩用量约为 1 - 2 千克，能够有效减少线虫的危害。
植物源农药防治
除虫菊素：它是从除虫菊中提取的天然杀虫剂，对金线莲上的蚜虫、蓟马等害虫有快速击倒作用。将除虫菊素制成水乳剂或乳油，稀释 1000 - 2000 倍后进行喷雾。其作用机制是麻痹害虫的神经系统，使害虫迅速停止取食和活动，但它在环境中容易分解，不会产生残留问题。
鱼藤酮：从鱼藤属植物中提取，对金线莲上的叶蝉、螨类等害虫有较好的防治效果。鱼藤酮的作用方式主要是抑制害虫的呼吸作用。将鱼藤酮制成制剂后，稀释 500 - 1000 倍进行喷雾，一般在晴天的傍晚使用效果较好，因为阳光直射会加速鱼藤酮的分解。